鸭河口灌区综合改革是1998年管理局领导班子针对灌区由计划经济向市场经济转轨过程中所暴露出来的管理体制不适应、运行机制不灵活、工程产权不明晰、失管现象严重等问题，经广泛、深入调研和讨论而做出的决策。旨在革弊兴利，谋求灌区良性循环、持续发展。从1998年底起，在部、厅以及南阳市有关部门的指导下，着手研究编写《鸭河口灌区综合改革方案》和《实施办法》。1999年11月《方案》和《办法》通过中央、国务院七部委有关专家和领导的评审论证。2000年灌区综合改革全面启动。

基层管理体制改革主要是田间工程改村级服务站集体管理为用水者自主管理、自主经营，重点推行用水者协会、租赁、承包和专管延伸四种形式。目前全灌区已完成不同形式改制139处，其中成立农民用水者协会256个。改制，改出了责权利的统一，改顺了用水秩序，减轻了农民负担，增强了农民水商品意识，提高了管理水平。

建设体制改革重点实行“四项制度改革”：改工程建设行政管理为项目法人管理；改“暗箱操作”为全程阳光作业；改通体监理为监理机构专门监理；改工程质量验收终结制为终身责任制。同时，还实行了“合同管理制”和“廉正责任制”。规范了建设程序，保证了工程建设质量。

机构、人事、分配制度改革。机构改革上，按照“精于高效，分离辅助，放活实体”的原则，对两个干渠管理站和灌溉试验站从经济上和管理机构上进行了分离，对试点单位内部股室进行了重组。人事制度改革上，改干部任命制为公开选拔聘任上岗，变“伯乐相马”为“赛场选马”。分配上实行联绩效分配，增强了内部活力，提高了工作质量和工作效率。

水价和收费体制改革。水价改革上，改单纯以总干渠口计量计费为按各级渠道水利用率分级计价等，增强了透明度。水费征收上，结合基层管理体制改革，推行了协会收费，专管人员自收，承包经营者收取和乡、村带收等多种形式并存的征收办法，取得了明显效果。

另外，在经营机制上，改单一的水费经济为收费与水土资源开发并重。五年来完成渠道植树近80万棵，并以向南阳生态工业园区供水为突破口，加快水资源利用向高效环节发展。与此同时，加快企业改制步伐，充分发挥人才和设施优势，拓宽经营领域，使灌区自身效益和社会效益得到不断提高。